Structural Analysis of Protein-RNA Complexes

초록

단백질과 RNA의 상호작용은 중요한 문제임에도 불구하고, 단백질 간의 상호작용이나 단백질과 DNA의 상호작용에 비하여 상대적으로 연구되지 않았으며, 기존의 연구도 단백질을 중심으로 한 것이 대부분이다. 본 연구에서는 29개의 대표적인 protein-RNA complex에서 단백질과 RNA 결합에 관여된 952개의 수소 결합을 컴퓨터 프로그램을 이용하여 분석했다. 수소 결합을 분석할 때, 단백질과 RNA의 직접 결합 뿐 아니라 약 30%를 차지하는 물을 매개로 하는 결합도 포함함으로써, 분석되는 데이터의 대표성을 높였다. 각각의 아미노산과 nucleotide에 대하여 계산할 수 있는 정교한 결합성향 함수를 고안하여 분석한 결과, arginine이 가장 높은 결합 경향성을 보이고, 그 뒤로 asparagine, lysine, serine의 순이다. RNA에서는 uracil이 가장 높은 경향성을 보였고, 그 다음으로 cytosine, guanine, adenine의 순이다. 이 분석 결과는 기존 알려진 연구결과와 완전히 일치하지는 않으며, 그 차이를 보다 정확히 규명하기 위한 분석 작업이 추가로 진행중이다.